Nach dem Abitur in Tauberbischofsheim studierte er zunächst Maschinenbau in Karlsruhe und arbeitete einige Jahre in diesem Beruf. 1976 trat er bei den Franziskaner-Minoriten ein, 1986 legte er die Ewige Profess ab. Nach seinem Theologiestudium in Würzburg und Münster weihte ihn Bischof Dr. Paul-Werner Scheele am 23. Mai 1987 in der Seminarkirche Sankt Michael in Würzburg zum Priester. Anschließend war Körner unter anderem in Schweinfurt und Neustadt/Waldnaab tätig, bevor er 1996 nach Schönau kam. Dort war er als Hausprokurator unter anderem für die Buchhaltung zuständig. Zudem wirkte er als Seelsorger im Kreisseniorenzentrum in Gemünden und half in der Pfarrei Wolfsmünster in der Seelsorge mit. 2008 wechselte er in das Franziskanerkloster Kolumba in Köln. Dort war er als Beichtvater und Seelsorger tätig. Das Requiem für den Verstorbenen wird am Donnerstag, 12. Oktober, um 10.30 Uhr in der Franziskanerkirche in Würzburg gefeiert, die Beerdigung findet um 13.30 Uhr auf dem Hauptfriedhof statt. Bereits am Mittwoch, 11. Oktober, um 18 Uhr wird der Sterberosenkranz in der Valentinuskapelle gebetet.
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